“也许有什么派得上用场的仪器，这间公司不是有一堆先进的东东吗！”
小霞有些无奈的跟着赤红一起检查这一些东西,她猜测也许有某个仪器干扰了发信装置的运作，让他们找不到那一位城龙刑警，结果意外的发现某个小霞认识的仪器。
“这不是化石修复装置吗！”
“什么进化石？”
“化。石。修。复。装。置！赤红你忘记你搞坏的东西了吗！害本小姐造成了巨大的损失，你一直没有赔给我啊！！！”
“痛痛痛，别再拉我耳朵了！”
化石修复装置的外观相当魔幻，像是把电脑、电冰箱、透明水槽和巨大绞肉机装在了一起，比起说是高科技装置，更像是会在食品加工厂中会出现的仪器，类似全自动香肠制造机之类的物品。
小霞会和赤红、小刚两人一起旅行，起因不是像是宝可梦动画版那样，皮卡丘电爆了小霞的脚踏车，愤怒的小霞向赤红索要赔偿，而是因为远古宝可梦的化石。
在尼比市和华蓝市之间隔着一座月见山，这一座山脉除了出产稀有的“月之石”进化石，还有挖掘出远古宝可梦的化石,其中的发现的贝壳化石、甲壳化石，被学者们证明是古代的水系宝可梦，给地质研究者们带来巨大的震撼，高耸的月见山过去似乎是沉在海底下，关都地区在远古时期并不存在。
为了证明这一系列的发现,宝可梦学者开始了复苏化石宝可梦的工作，开发出了一套特殊的仪器，从化石中提取宝可梦的基因情报，让这一些远古的水系宝可梦可以在现代重现。
在关东地区中，尼比市的科学博物馆、红莲岛上的红莲研究所,这两座设施有着复苏化石宝可梦的技术和相关的装置。
小霞多次进出月见山的地底探险，最终获得了几块状况良好的化石，准备利用尼比市的科学博物馆来复苏宝可梦，想要获得稀奇的水系同伴，结果这一个计划已久的愿望，被来到尼比市挑战道馆的赤红给严重破坏了。
初出茅庐的赤红在前往尼比市的旅途中，意外的惊扰了烈雀的领域，烈雀是和大针蜂并列的新人训练家杀手，经验不足的训练家往往会因为这两种宝可梦而吃大亏。
赤红和同伴们被大量的烈雀们追逐，最后是依靠皮卡丘在雷雨的环境中，接引了大自然的落雷，使用出超乎寻常的电系招式，才终于将执着的烈雀群成功驱赶走。
但是吸收了过量的电力，让皮卡丘处于一种电气疾病的状态，表面上会让皮卡丘的电系招式增幅出超越等级的效果，长时间下来会对宝可梦会产生严重的问题。
只是天真的赤红没有注意到这一个问题，挑战道馆心切的他没有在宝可梦中心好好进行检查，就急匆匆去了尼比道馆，之后的事情之前也有提过了，迷失在道馆首领身份的小刚，同样没有注意到皮卡丘的问题，导致了尼比道馆的大破坏。
皮卡丘的电击可以说将整个尼比道馆给轰炸了一遍，小刚的大岩蛇不是败在电击上，而是电击造成的冲击波，地面系免疫电系攻击是宝可梦世界的基础，但是除此之外的物理现象还是无法幸免。
强力的电击破坏了尼比道馆的基础设施，同时也将一旁的科学博物馆中的各种仪是器给烧坏，这事后是用小刚管理不到位为由，免除了赤红的赔偿责任，一切的复原经费将由尼比道馆去支付。
返回尼比道馆的小刚的父亲，武能馆主还以此为借口，剥夺了小刚的道馆首领资格，实质上是让小刚可以外出旅行，实现他成为宝可梦培育的心愿。
赤红和小刚也就此凑在了一起，踏上了他们的宝可梦之旅。看似可喜可贺的结局，却有一个人遭受了巨大的损失，那就是当时在科学博物馆修复化石的小霞。
小霞正巧在皮卡丘引发骚动时，在科学博物馆中操作化石的复原工程，由于电击导致了化石修复装置的烧毁，小霞辛辛苦苦挖掘出来的远古化石也就报销了。
照理来说，小霞的损失也可以算在尼比道馆的赔偿中，但是这一个女孩似乎和赤红八字不合，在小霞气急败坏的寻找凶手时，赤红这一个不正经的家伙却连一句道歉都没有，反而认为几块石头再找就有了，并不值得那么高的价格，结果让小霞给气炸了。
小霞硬是拉着赤红、小刚两人，三个人在月见山中待了整整十多天，灰头土脸的赤红才终于挖掘出让小霞满意的化石，把赤红给折腾个半死后才算是让小霞气消，三人组因为这一次的事件才开始凑在一起。
华蓝市的道馆挑战、圣安奴号豪华邮轮上的比赛等等的事件，加深了三人组的友谊与配合。
不过三人旅行的目的还是不同的，赤红是为了成为宝可梦大师而旅行，搜集八个道馆徽章来挑战石英大会。
小刚是为了成为宝可梦培育家，本来玉虹市会是他的一个终点，这里有着玉虹大学和各种培育家的课程，只可惜因为火箭队的破坏，需要暂时延期一段时间。
小霞则是为了进行水系宝可梦修行，位于大洋中的红莲岛就是她的目的地，那里有着另一个可以修复化石的研究所，加上海岛环境充满着水系宝可梦，是她理想的修行场域。
如今看来，小霞希望复活化石宝可梦这一件事可以提前了。
“原来如此，仪器本来就是西尔佛公司打造的，这里当然有原型机啊！”
小霞高兴的找出贝壳、甲壳化石，准备操作仪器去迎接她期待已久的水系宝可梦，赤红则是泼了她一通冷水。
“这么复杂的仪器小霞妳会用吗？”
“……不会。”
明明是一件开心的事情，为什么就没有办法顺利完成呢！
小霞死死的盯着赤红，把赤红看的心理发毛，但就算是这样他也没有办法啊！