周磊在临安城下被吴军击败之后，收拾残兵败将向湖州撤军。哪知天公又不作美，连降大雨，道路泥泞，大军行进缓慢。周磊听到将士们的哭号之后，心如刀绞，自从起兵至今未尝遭受此败。但他还是鼓舞士气，说道：“将士们，胜败乃兵家常事，只要我们进了湖州，一切都会好起来的！”将士们听了周磊的话后，又重新振作起来，向湖州撤退。
10月28日，天已放晴，周军满怀希望的撤到湖州城下，本以为可以好好休整一下了，可是没想到等待他们的却是一通乱箭。原来，吴刚早在劫营之前就命令耿滔奔袭湖州。周军猝不及防，当场死伤两千余人，周磊左肩也中了两箭。周磊下令嘉兴方向撤退，毕竟嘉兴城下有周峰和周福来的五万大军。他哪里会料到，吴刚早就在去嘉兴的必经之路桐乡设了伏兵。周军刚进桐乡，两旁鼓锣齐鸣、杀声震天，吴军从四面八方杀冲杀出来。周军慌忙迎战，被吴军截为数段，又遭大败。在交战中，周磊为了救士卒，后背又挨了吴军两刀，好不容易才在将士们的保护下突出重围。周磊不敢再往嘉兴撤退，生怕再次中了埋伏，他决定北上渡过太湖，退到无锡。
11月6日，周军历尽千难万险，终于到达太湖南岸。周军正在渡湖之时，吴刚率领的追兵杀到，吴军向湖中放箭。一片箭雨落下，周军血染太湖，周磊腿部和腹部中了三箭，伤势日渐沉重。等周军撤退到无锡时，周磊清点兵马，六万周军所剩不到八千。周磊忧愤过度再加上连续受伤，没有及时得到医治，伤口感染，身体状况日益恶化。