在楼宇和另一只鸭子还在苦恼如何通关《残余的意志》时，新的剧情已经在玩家的推动下开启。
首先就是地球联邦逐渐衰败，导致殖民卫星主义再次占据上风。于是在UC145年赞斯卡尔帝国在Side-2成立。打着殖民卫星应该和地球是平等关系，而不是附庸关系的旗号对地球联邦宣战。
由于地球联邦正处于风雨飘摇之际，所以采取了保守策略，并没有在第一时间反击赞斯卡尔帝国。
这也让许多地球居民对地球联邦失去了耐心，在战争的逼迫下，有许多社会精英人士组成的神圣军事同盟成立，专门对抗赞斯卡尔帝国的侵略。
与此同时木星帝国因为两任总统先后战死，政府改为共和制，木星帝国演变为了木星共和国。
但是即使政权更迭也没有改变木星和死亡先锋的矛盾，双方一直摩擦不断。
这一段剧情融合了《机动战士V高达》，《机动战士海盗高达：幽灵》，《机动战士海盗高达：X-11》等多部作品。
以赞斯卡尔帝国发起的“天使的召唤“作战计划为饵，展开了一场四方混战。
首先就是赞斯卡尔帝国和神圣军事同盟的交战，为了抵御强大的赞斯卡尔帝国，神圣军事同盟悄悄实行了“胜利计划“。在世界各地都建造了兵工厂，并且在秘密的训练有天赋的机师。
但是主角胡索·艾宾却并非神圣军事同盟培养的机师。胡索的父母都是神圣军事同盟的成员，但是为了保护儿子，夫妻二人并没有告诉儿子自己的真实身份，将年幼的胡索留在了老家，企图用这种方式保护胡索。
但是这一切在胡索13岁那年发生了巨大变化。13岁的胡索正在乘坐滑翔伞玩耍，恰巧遇见了神圣军事同盟的玛贝德·芬格赫特驾驶核心战机正在被赞斯卡尔帝国的克罗诺克尔·艾夏驾驶ZM-S06S佐罗亚特追击。
可能是来自于血脉深处的感应，胡索果断选择帮助玛贝德。作为主角帮助的方式也是非常装X，年仅13岁的胡索直接抢下了佐罗亚特的试作机，成功吸引了艾夏的进攻火力，帮助玛贝德逃出生天。也借此机会成功加入神圣军事同盟。
然后玩家们的站队时刻到来，因为官方接下来发布了一个副本，就是在东欧的科林工厂外LM312V04胜利高达首次登场对战ZM-S06S佐罗亚特的剧情。
已经熟知官方套路的玩家们，纷纷意识到了这一次副本背后的含义，选择神圣军事同盟就意味着日后将获得大量和主角一起作战的机会，主角的作战能力更是不用质疑。
加入赞斯卡尔帝国将意味着日后会有海量机体和战舰可供选择和获得。
部分玩家们还在犹豫，结果官方又发布了一段剧情，一个出身Side3的青年霍特·伯德，无意间在网络上发现赞斯卡尔帝国建造天使之轮的机密。这个机密是神圣军事同盟的间谍在发现自己暴露之后，在临死之前公布的信息，企图引起地球联邦的警觉。
但是赞斯卡尔帝国的处理非常迅速，直接派出部队追杀那些观看过该机密的人，霍特-伯德就是被追杀的人之一。
数台三人操控的MW544B珊哈格疯狂追击着霍特-伯德，这时候正在调查天使之轮秘密的X-0海盗高达·幽灵出现，在这里官方再次放出副本依旧是选择题，这不过这一次的选项是死亡先锋。
要知道X-0海盗高达·幽灵的驾驶者是可以被称为当世最强机师之一的托比亚-阿罗纳克斯。
托比亚在神之雷殖民卫星炮内部死里逃生，但是却因为爆炸的关系导致双目失明。为了弥补自己视力的缺陷，X-0海盗高达-幽灵还被改造为了装配有行动反射指令接受和特殊声呐探测传感器的特殊机型。
这台机体虽然老旧但是在托比亚高超的驾驶技术和已经觉醒的NT能力的加持下威力依旧不俗。
不少玩家进入副本后发现事情并没有那么简单，在海盗高达-幽灵的副本里还有一位不速之客，那就是来自木星共和国的特殊部队马戏团的杰克·弗莱德也出现了，并且驾驶木星共和国鹰派支持开发的以具有绝对高性能MS为目标的“一骑挡千”中的四号机EMS-TC04迪斯菲斯。
杰克-弗莱德是有名的战争疯子，他一出手就将赞斯卡尔帝国的追杀部队杀了个人仰马翻，他此次前来的目的是控制住霍特-伯德，用霍特-伯德知道的情报狠狠的宰赞斯卡尔帝国一趣÷阁。
不过这些都不是玩家们关心的，毕竟在玩家眼里木星共和国的马戏团只不过是玩家的第四个选项而已。
大部分玩家都在为加入哪一方势力而发愁。楼宇和另一只鸭子则是在奋力提升自己想着先把《残余的意志》的隐藏奖励拿到手。
为了提升实力，楼宇再次改造机体，这一次Hi-v高达被楼宇改造为了RX-93-ν2VHi-ν高达勇气型。
另一只鸭子也没有闲着，直接从木星共和国那里搞来了完美扎古的模型，虽然不是捷多亲自制作的，属性加成有限，但也是有了一点点提升。
二人约好第二天再次挑战副本《残余的意志》。